为了破除众生的常见邪念，生起佛法难闻、大成就者难遇正见，以及生起厌离生死、实修佛法的信心，早已成就不生不灭金刚身的阿曲尊者，决定示现将有生灭的肉身，回归本无生灭法界的虹光化身的成就。

在密续的经典中记载：‘修持者有三种根器：下等根器和凡夫一样畏惧死亡；中等根器对死亡已无恐惧，就像雪山的狮子和不懂事的婴儿一样，无论何时死，死在何处，或荒野、路口、乡村或城镇，都毫无顾虑。上等根器殊胜的往生有几种形式：像空行母一样涅槃，涅槃后不留遣体，全部化为微尘；像持明者一样的涅槃，有如宝瓶击穿后，瓶内空间和外界底空融合为一一样，为了利益众生的追随，身体如云消失在底空中；此无需上师口传诀窍加持，在同一时间，于原始清净中解脱，而身体亦无所依地直接融入法界中涅槃，等等。

其中，身体直接融入法界，像空行母一样，不留遗体的涅槃，将身体化为微尘，此为“原始清净”法解脱；像火焰熄灭、干柴燃尽一样的涅槃、和像持明者一样的涅槃，是为“任运超越”的成就。’
藏历土虎年七月七日（公元１９９８年８月２９日）中午，八十一岁的阿曲尊者身体没有任何病痛，他和往常一样，安然坐在禅床上，手握念珠，嘴里不停地念著一向专修的观音六字真言。站在一旁的侍者，突然发现尊者念咒的声音越来越弱，连忙捧著他的手。

此时，尊者安详地闭上双眼，停止了呼吸，以吉祥卧姿进入涅槃。他那肤色光滑、没有皱纹的脸上，充满著慈悲的神色。此时此刻，尊者体内的众生，和他一起进入法界，化为光明，得到了究竟的解脱。正如密续《唯一佛子续》所云：“体内一切寄生虫，密宝管道通空间，清净光明门敞开，直上往生大成就。”为了供养尊者的法体，侍者们将其涅槃的消息保密了七天。
在此期间，禅堂内外以及方圆几十公里内的天空，多次出现五彩祥云、光团和彩虹，很多人都闻到从未闻过的异香。尊者涅槃后的第二天，侍者们惊奇地发现，遮盖在法衣下面的法体，一天比天缩小，第七天时，法衣下的法体全部消失，第八天清晨，侍者小心翼翼地揭开法衣，大家都大吃一惊，法衣下面什么都没有，尊者连指甲、头发都没留下，全部化为虹光，融入法界之中，就像石头上飞走了一只鸟一样，没有留下任何痕迹！
尊者终身实修密法，终于即身成就了正等觉。这样成就正等觉者，已断尽一切烦恼，分别和执著；自然具备了身、语、意、事业、功德：身心自然解脱于大法界中。如来藏本具三身、五智和永恒不灭的大悲心，密续《自生》云：“分别轮回灭，智慧三身生，故曰觉者佛。”一切自然解脱法界的修行人，都已即身成就了永无生灭的金刚身，他们之所以显示出种种不同的涅槃形式，主要是为了度化不同根器和因缘的众生，使他们对密法生起信心。
因此，我们对这些在法界中自然成就的修行者们，没有必要分别他们采取什么形式涅槃，因为他们早已超越了我们一般人了知的见修境界。藏历土虎年八月初十至十五日，四川省新龙县二十一座寺庙的几百名僧众，在鲁木饶寺举行了盛大的供养法会，祈祷阿曲尊者的应化身，早日乖愿再来。为度化不同根器和因缘的众生，而显现出不同的应化身，这是十方三世一切诸佛菩萨的愿力。
阿曲尊者虹化的消息传到卡瓦洛日神山之后，很多修行人都认为：“于此五浊恶世，竟然还会出现像阿曲尊者这样的虹化大成就者，真正稀有难得啊！这是一个大事因缘，应向全世界宣告。”